1、玄武湖的历史最早可追溯到距今2220多年前的先秦时期。从公元前221年的先秦到西汉玄武湖分别称作秣陵湖、蒋陵湖。南朝时，玄武湖进入它在历史上的鼎盛时期。出于帝王都“四神布局”的需要，又由于宋元嘉年间湖中两次出现所谓的“黑龙”，湖名开始改为“玄武”。

2、从东晋到梁代，玄武湖先后有过昆明湖、饮马塘、练湖、习武湖、练武 湖等名称。隋唐以后，玄武湖随着都城的北移，逐渐衰落下来。

3、到明朝玄武湖的命运再度发生变化，明洪武十四年（1381年），朱元璋选中玄武湖作为明朝中央政府黄册的存放地，建后湖黄册库（相当于现在的中央档案馆）。玄武湖从此作为一代禁地，与外界隔绝了二百六十多年。