哈尔滨医科大学共有两个校区，分别是大庆校区和校本部。

哈尔滨医科大学，位于哈尔滨市南岗区保健路157号。为国家教育部首批试办七年制高等医学教育的院校、中西部高校基础能力建设工程、卓越医生教育培养计划重点建设高校之一，是黑龙江省重点建设高水平大学、省部共建大学、中俄医科大学联盟中方牵头院校，黑龙江省高等医学教育研究基地和临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。

哈尔滨医科大学大庆校区，原黑龙江鸡西煤炭医学高等专科学校，位于黑龙江省大庆市。是哈尔滨医科大学为提高综合实力和竞争能力，在大庆市委市政府支持下，于2004年3月开始投资兴建的新型校区，2004年10月正式成立于黑龙江省大庆市。