古巴比伦时代的医学是和巫术同行的，当时医学主要分为两大派：实践派和学术派。

早在乌尔第三王朝时期就已出现了“药典”，记录了用各种生物和矿物制作的各种嗅剂、熏剂、滴剂、膏剂、灌肠剂、栓剂等，并有一些治病的处方。

从这些处方看，尽管当时对许多生物和矿物的疗效已有所了解，但尚处于摸索实验阶段。

在整个西亚，巴比伦的医学享有盛名。

公元前13世纪，巴比伦王曾派御医为赫梯王哈图西利斯三世治病。