厂房拍卖原则上应根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（国务院令第138号）规定据实计算征收土地增值税，但如果确实无法据实进行土地增值税清算，可按规定核定征收。

目前，转让土地使用权的土地增值税核定征收率为8%，转让厂房及土地的土地增值税核定征收率为6%。计算公式为：应缴纳土地增值税税额=转让房地产收入×适用核定征收率。