复旦大学数学学科是全国最早具有国务院学位委员会规定的数学学科全部博士点的学科单位，涵盖了全部五个二级学科，分别是：基础数学、应用数学、运筹学与控制论、计算数学、概率论与数理统计。基础数学、应用数学、运筹学与控制论是首批国家重点学科，2007年，数学学科成为国家一级重点学科。