电子烟中的烟油大部分含有丙二醇，对人身体有刺激作用，有些人会对它产生过敏反应；一些新产品中的烟油在高温下会产生有毒的羰基化合物。体外细胞实验显示有些调节电子烟味道的成份存在细胞毒性，但是体外实验结果的外推则需要另行研究；虽不涉及燃烧烟叶，电子烟也同样会产生类似香烟的细小颗粒，加热单元甚至会产生纳米级的金属颗粒。由于并非真正的烟草，所以电子烟的味道跟香烟相比终究是有区别的。但是是，即使存在这些隐藏的问题，电子烟的危害仍远小于传统的香烟，所以仍然是戒烟者的一种有效选择。