进口货物的增值税应当由政府设置的海关征收。

《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书抵扣进项税额问题的通知》的规定：纳税人进口货物，凡已缴纳了进口环节增值税的，无论其是否已经支付货款，其取得的海关完税凭证均可作为增值税进项税额抵扣凭证。