东南大学计算机科学与工程学院起源于1960年建立的“解算装置及技术”专业，曾自主研制我国第一台数字积分机，填补了国内空白，并成功地应用于国防现代化和工业自动化领域，取得了开创性成果。1960年开始招收本科生，1979年开始招收硕士研究生，1990年开始招收博士研究生。1981年建立计算机科学与工程系，2006年建立计算机科学与工程学院。

1965年，计算机系独立研制成我国第一台数字积分机，填补国内空白；此后，又将数字积分机技术实际用于国防现代化及工业生产自动化，进行了一系列开创性工作，2项成果获1978年全国科学大会奖，1项成果获江苏省科学大会奖；1973年参加了我国100系列和200系列数字计算机的总体设计及系统软件的开发。70年代中期以后，逐步形成了数据库和信息系统、人工智能理论及其应用和计算机网络与分布式处理等具有东南大学特色和国内有影响的三大研究领域。