别墅的房产证不是商业。因为本身别墅和商业房产就是有很大区别的，因此其房产证也不可能相同。二者的区别主要在于：

1、概念区别：别墅也叫作改善型住宅，是在郊区或风景区建造的供休养用的用来享受生活园林住宅，属于是第一居所。而商业房是指经政府有关部门批准，由房地产开发经营公司向政府机关单位租用土地使用权和租用期限，建成后用于市场出售出租的房屋。

2、房屋来源区别：商业房的房屋来源是具有经营资格的房地产开发商建成的房屋，销售价格是由市场经济供求关系决定的，同时还存在分摊面积。但是没有独栋别墅分摊面积，因为独栋别墅土地证上没有写独栋别墅分摊面积。

3、居住空间区别：别墅是独门独院上有独立空间下有私家花园领地，私密性很强。独立式住宅和独栋别墅都属于独立空间，一般独栋别墅周围都有面积不等的绿地、院落。而商品房则不属于独立空间，一般都是很多人在一起共享整个小区的设施。