司法鉴定结论异议有以下处理方式：

1、申请重新鉴定。

2、主动搜集其他证据推翻鉴定结论,使得鉴定结论不能作为定案证据。

【法律依据】

《司法鉴定程序通则》第三十一条规定，有下列情形之一的，司法鉴定机构可以接受办案机关委托进行重新鉴定：

（一）原司法鉴定人不具有从事委托鉴定事项执业资格的；

（二）原司法鉴定机构超出登记的业务范围组织鉴定的；

（三）原司法鉴定人应当回避没有回避的；

（四）办案机关认为需要重新鉴定的；

（五）法律规定的其他情形。