金刚菩提子发棕色，是在把玩的过程中，人体的汗水、油渍等侵入到菩提子的缝隙所致。可用清水侵泡之后，用硬毛刷刷几天，再放在手上多盘玩，使其色泽均匀。

金刚菩提变色，可能是选取的树籽不一致造成，由于不同树籽的密度不同，所以盘玩后难免会有色差，最好在开始选购时，尽量选择一些大小、颜色、桩型一致的树籽，这样能避免在盘玩时出现不同的颜色。

对于刚上手的金刚菩提，若是在平时盘玩不均匀，导致局部位置没有与皮肤接触，这样也会容易出现色差，此时要用硬毛刷清理表面的杂质，当手出汗了就适当增加盘玩的时间，让皮肤接触每个部位，以避免出现色差。

若是经过长时间的盘玩下，表面会出现不同的颜色，此时可将深色的珠子串在一起，浅色的放一起，让手多接触浅色的珠子，或者将变色的珠子取下来，在平时注意保养和清洗，时间长了颜色也会逐渐变得一致。