土地入股融资存在的问题有：

1、土地承包经营权入股的正当性争议；

2、平等协商、自愿、有偿原则的落实障碍；

3、改变入股土地的农业用途时有发生；

4、土地入股经营失败后处置困难。

【法律依据】

根据《土地承包法》第五条，农村集体经济组织成员有权依法承包由本集体经济组织发包的农村土地。

任何组织和个人不得剥夺和非法限制农村集体经济组织成员承包土地的权利。