申请撤诉时法院只收取了案件受理费，该费用减半缴纳，按下列规定处理：

《诉讼费用交纳办法》

第十五条　以调解方式结案或者当事人申请撤诉的，减半交纳案件受理费。

第三十四条　民事案件的原告或者上诉人申请撤诉，人民法院裁定准许的，案件受理费由原告或者上诉人负担。

行政案件的被告改变或者撤销具体行政行为，原告申请撤诉，人民法院裁定准许的，案件受理费由被告负担。