吉布提国土面积虽小，但境内地形复杂。其全境大部分为火山岩物质的高原山地，沿海多为平原和高原，内地以高原和山地为主。其塔朱拉湾呈楔形在亚丁湾深入内地，将国土分成南、北两个不同的部分。

在其塔朱拉湾以北地区，分布着多重山脉。吉布提只有在曼德海峡与塔朱拉湾沿岸之间延伸着一条狭窄的平原带，但多为沙漠。在吉布提内陆的北部和中部，纵横着一些西北-东南走向的山脉和凹地。