伊犁将军辖境东到哈密和巴里坤、西到葱岭和楚河、塔拉斯河流域，北到巴尔喀什湖和额尔齐斯河中上游，南到昆仑山。乾隆二十七年，任命明瑞为第一任伊犁将军，1912年志锐作为最后一任伊犁将军而结束。

伊犁将军有统率驻军、考察官吏、屯田置牧、组织生产、核征赋税、巡边守土等职能。1884年新疆建省后，伊犁将军则只负责伊犁和塔尔巴哈台的防务和军政。