南昌工程学院比较好的专业分别是水利水电工程、电气工程及其自动化、土木工程、水土保持与荒漠化防治、机械电子工程、英语、计算机科学与技术、测绘工程、水文与水资源工程、电气工程及其自动化。

南昌工程学院是一所由江西省人民政府与中华人民共和国水利部共建，以工学为主，文学、经济学、理学、农学、管理学、艺术学等多学科协调发展的水利特色院校；南昌工程学院前身为创建于1958年的江西水利电力学院，此后历经江西省水利水电学校大专部、江西工学院水利分院、江西水利专科学校、南昌水利水电专科学校、南昌水利水电高等专科学校，2004年升格为本科院校，更名为南昌工程学院。