间谍罪的管辖机关有很多，一般情况下由国家安全机关或者公安机关管辖，如果是国家机关工作人员犯间谍罪的，可由检察机关管辖。
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第四条 国家安全机关依照法律规定，办理危害国家安全的刑事案件，行使与公安机关相同的职权。
