可以采用火烧法、摸手感和看纹理鉴别真假菩提子，天然的菩提子经过火烧后会产生烧糊的气味，表面有很多大小不一的纹路，摸起来会比较扎手。而人工合成的菩提火烧后会逐渐熔化且散发出刺鼻的气味，表面也比较光滑。

鉴别真假菩提子的时候，最为简单且直接的方法就是火烧法，可将上面的珠子取一个下来，用打火机在底下烧，若是出现熔化且散发出一种刺鼻的气味，则说明是经过加工形成的菩提，若是出现正常的烧糊味则为真品。

也可以采用摸手感进行区分，菩提子主要是以草籽或者树籽为主，所以天然的菩提子没有进行抛光之前，表面会比较粗糙，摸起来比较扎手，而人工合成的菩提子表面都是经过高强度的打磨，所以摸起来比较光滑。

天然的菩提子上表面会有很多大小不一的纹路，分布也不均匀，看起来比较自然，有些纹路类似于比较抽象的图案，有的是一些不容易看清的暗纹，而人工合成的菩提是经过优化处理所致，所以表面上的纹理比较均匀且一致。