昆山腔产生于元朝末年的昆山地区，至今已有六百多年的历史。宋、元以来，中国戏曲有南、北之分，南曲在不同地方唱法也不一样。元末，顾坚等人把流行于昆山一带的南曲原有腔调加以整理和改进，称之为“昆山腔”，为昆曲之雏形。

昆山腔起源于昆山地域，是有其社会生活基础和历史经济因素的。唐宋以来，昆山本地已流行着各种歌舞伎艺，南宋龚明之《中吴记闻》说：“昆山县西二十里，有村曰绰墩，故老相传；此黄番绰之墓，至今村人皆善滑稽及能作三反语。”宋理宗时编刊的《玉峰志》记载：乡民以“伎乐”送神，才艺出众。元代昆山商业经济的发达，也是促成昆山腔形成的主要原因。当时昆山的浏河口（娄江东入长江处），是进行国际贸易的海运中心，建有海运仓，称为：“六国码头”。由于海外通商的激发，浏河镇成了“东南大埠”。明初郑和七次下西洋，都是由此出海的。这造成了昆山地区工商交流的便捷，昆山腔便在元末明初风行起来。