在清理金刚菩提原籽的时候，首先将其放在温热水中浸泡几个小时，用钢丝刷将里面的污垢清理出来。之后换水浸泡，让其多泡一会，还要用手搅拌，用猪毛刷重新刷洗几次后，将其放在干毛巾上不停的揉搓，最后进行阴干处理。

金刚菩提原籽里面多少会有一些果皮和果肉，首先将原籽放在温热水中浸泡几个小时，以软化里面的渣滓，这样清理起来也比较方便，若是买来是手串不用着急将绳子解开，可将整串的丢在水里就行了。

等浸泡完后先用钢丝刷刷洗几次，将深层里面的污垢清理出来，刷洗时要用手指不停的拨动珠子，这样让每个部位都能被刷到，之后换水重新刷洗，此时主要用猪毛刷为主，清理干净后将水分擦干净，放在阴凉处晾干。

待清理干净后再放在干净的毛巾上，用手指挨个的揉搓金刚菩提的表面，再用手指平揉珠子，这样能将水分完全的清理干净，若是天气较为干燥的情况下，可以适当的涂抹一层橄榄油，等它晾干后放在手上盘玩。