封面神兽心金是凤凰，魂银则是洛奇亚。默默无闻的主角是一名来自若叶镇的新人神奇宝贝训练家。游戏伊始，主角需要在空木博士提供的三只初学者神奇宝贝菊草叶、小锯鳄和火球鼠中选择一只作为搭档。在应空木博士要求联系一位老人后，主角获得了自己的神奇宝贝图鉴，并正式开始了自己的旅程。主角的目标是为了成为城都和关都最出色的神奇宝贝训练家。玩家需要培育神奇宝贝，收集神奇宝贝图鉴，击败八名城都地方的道馆训练家以收集徽章，挑战地区中最强大的训练家——四天王及冠军。而后，主角在关都地区挑战当地的八位道馆训练家，最终在白银山顶对抗游戏的BOSS小智。