食用色素对身体的危害包括一般毒性、致泻性、致突性(基因突变)与致癌作用。特别是偶氮化合物类合成色素的致癌作用更明显。偶氮化合物在体内分解，可形成丙种芳香胺化合物，芳香胺在体内经过代谢活动后与靶细胞作用而可能引起癌肿。
