青牛精不怕如来的原因是如来忌惮青牛精的主人，也就是太上老君。

太上老君作为道教始祖，地位超然，不是一般神佛能比的。而且他身上随随便便一件东西就是绝世法宝，更何况他自己还天天没事在那炼药，炼器。最后如来令子弟来帮助孙悟空结果也被青牛精套去了金丹砂，实在没有办法的情况下才告诉孙悟空，让他去三十三天离恨宫找太上老君问问看。

太上老君在西游记中为三清之一，其实他就是道教之祖，而且西游记开篇就说了是老君开天地，可想而知如来在太上老君面前那也是绝对的晚辈，所以也要忌惮三分。