最大的弊端是杂交稻的亲本中用到雄性不育系，有潜在的不育危险。如果遇到不良天气，一个杂交水稻品种群体中很多植株表现不育，大幅度减产，给种植者带来严重损失。并且优势只能保持一代；育性可能低。南方的中、晚稻甚至粳稻的品质问题也比较大。 就全国而言，稻米品质在南、北方都不同程度存在一些问题。