菠菜极易腐烂，只要在冰点以上（接近0度），温度愈低，储存期限愈长，接近0度储存，约可存放三周。

随着储存温度升高，储存期限迅速缩短。运输期间可利用碎冰，放在菠菜上面，以达到迅速预冷的效果。

此外，仍须注意湿度的保持，防止脱水，但不可有凝结水附于叶上，以免增加腐烂率。

菠菜可储存于打洞的塑胶袋内，不但可减少水份丧失，又可减少物理伤害。百分之10至40CO2及百分之10O2的大气储存，可防止叶片黄化并维持品质。