辞职如果单位克扣工资，员工可以选择双方自行协商解决，当事人在自愿的基础上进行协商，达成协议。

协商不成或者双方不愿自行协商的，可以进行调解，双方也可请愿申请企业调解委员会调解，对调解达成的协议自觉履行。

调解不成的可以申请仲裁。当事人也可直接申请仲裁。

另外，劳动者权益受到用人单位或非法职业中介机构等侵害时，还可以向劳动保障监察机构进行投诉处理。

【法律依据】

根据《工资支付暂行规定》规定，用人单位不得克扣劳动者工资，除非有因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。