农村宅基地纠纷处理程序如下：

(1)协商解决

《土地管理法》第16条第1款规定：土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。据此规定，公民之间发生的宅基地纠纷，应当先通过协商的方式加以解决。

(2)行政解决

《土地管理法》第16条第2款规定：个人之间，个人与单位之间争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。该法还规定，侵犯土地的所有权或者使用权争议，由县级以上地方人民政府土地管理部门责令停止侵犯、赔偿损失。

(3)司法解决

《土地管理法》第16条第3款规定：当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起30日内，向人民法院起诉。这表明公民之间就土地的使用权和所有权发生的纠纷，只与按照《土地管理法》第16条和第53条的规定，先经过有关行政机关的处理，对于处理决定不服，才可以向人民法院提起诉讼。