有区别，二本毕业证上的是校长的名字，三本毕业证的是就读学院院长的名字。

二本证书有只有学校校名，三本证书有学校及学院名字，二本学生的毕业证上是“××大学”，而三本学生的毕业证上是“××大学××学院”的字样。此外证书编码首部以及公章也都不同。

二本证书中用的是本校，三本证书是本学院。二本和三本都是指按照国家教育教育部规定的考生录取批次。一本多是国家的重点大学。二本一般为省属高等学校。三本为部属、省属高等学校中的二级学院（一般为民办二级学院）招生。二、三本毕业生都享受同等的毕业待遇。