1、泡豆蒸豆

将大豆充分洗净后，加入3倍量的水浸泡一夜后，倒掉水放进高压锅内蒸到大豆用手捏碎的程度，大约45分钟。如没有高压锅，煮水时一次不要放得太多。为了保持大豆的原汁原味，最好是蒸。

2、接种纳豆菌

将纳豆菌用50ml热水（温度最好38-45℃，温度太高会杀死纳豆菌）溶解后，均匀地加入到热大豆中，迅速搅拌均匀，分装在7个泡沫饭盒里，厚度大约2cm，上面苫上纱布或者在饭盒与饭盒盖之间架上一双筷子，使其充分接触空气。因纳豆菌是嗜氧菌，接触空气是很重要的。但发酵好以后，要盖好盖，用胶带封住口，避免接触空气利于长期保存。

3、在恒温下发酵14-36小时

在干净的大泡沫箱内放入几瓶装满50℃热水的长方形塑胶瓶子，把已接种上纳豆菌的泡沫饭盒摆在瓶子上，箱内理想温度是42℃。如箱内温度降到38℃时，瓶内重新换入50℃的热水。如此反复更换瓶内热水，发酵14-36小时，大豆表面产生了白膜，有粘丝出现后，大豆就变成了纳豆。