《黑松镇》主要讲述的故事以特工处探员伊森来到某处的一个乡村小镇寻找两名神秘失踪的联邦探员而展开。在这个过程中，伊森觉得这个小镇处处充满诡异。随着深入调查，他最终发现了关于这个小镇背后，令人震惊的惊天秘密。

伊森在经历了一场车祸之后昏迷，醒来之后却发现自己莫名其妙地躺在一条河边，身上的物品全部消失不见，进入黑松镇后，伊森再次晕倒，被送往医院，出院后结识了贝弗利，在贝弗利的引导下，伊森发现了惨死的比尔，之后又结识了凯特，凯特告诉伊森，整个镇子其实都处在监视之中。

伊森知道真相后，回家告诉妻子，但没想到妻子不相信他，认为他是被洗脑了，伊森知道一次危险的行动或将决定人类的存亡，陷入了两难。