秦朝的中央行政机关实行三公九卿制。皇帝之下设三公，三公为：

丞相，承受皇帝之命，辅助皇帝掌管天下的行政的官；太尉，掌管军事的最高官吏；御史大夫，主要管理记事，主要职责是管理图籍、奏章，监察文武百官。

三公之下设九卿，作为中央行政机关分掌具体行政事务，如祭祀、礼仪、军事、行政、司法、文化教育等。包括：

奉常，掌管宗庙礼仪，地位很高，属九卿之首；郎中令，掌管宫殿警卫；卫尉，掌管宫门警卫；太仆，掌管宫廷御马和国家马政；廷尉，掌管司法审判；典客，掌管外交和民族事务；宗正，掌管皇族、宗室事务；治粟内史，掌管租税钱谷和财政收支；少府，掌管专供皇室需用的山海池泽之税。