注册日本商标流程：

1、到日本特许厅提交注册申请。

2、日本许可厅进行形式审查。

3、日本许可厅进入实质审查阶段，确定该申请是否可以通过。

4、日本许可厅得出结论。

5、被驳回的可以进行申辩。

【法律依据】

《商标法》第二十二条，商标注册申请人应当按规定的商品分类表填报使用商标的商品类别和商品名称，提出注册申请。商标注册申请人可以通过一份申请就多个类别的商品申请注册同一商标。商标注册申请等有关文件，可以以书面方式或者数据电文方式提出。