两者各有千秋。

1、南京大学：是中国第一所集教学和研究于一体的现代大学，国家首批“双一流”、“211工程”、“985工程”重点建设高校，入选首批“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“卓越医生教育培养计划”、“卓越法律人才教育培养计划”，九校联盟、中国大学校长联谊会、环太平洋大学联盟、21世纪学术联盟和东亚研究型大学协会成员。

2、南开大学：正式成立于1919年，是由严修、张伯苓秉承教育救国理念创办的综合性大学，新中国成立后，经历高等学校院系调整，成为文理并重的全国重点大学，位列国家“双一流”、“211工程”和“985工程”，入选首批“2011计划”、“111计划”、“珠峰计划”、“卓越法律人才教育培养计划”、“教育部来华留学示范基地”，被誉为“学府北辰”。