1、占地面积：通常情况下，自来水公司因工业需要，占地面积会明显大于水利局。

2、职能方面：水利局涉及范围通常大于自来水公司。水利局为政府的水行政主管部门，主要搞水利工程建设管理、防汛抗旱、水资源管理、给排水、工程建设、河湖治理保护等。而自来水公司更专注于自来水的消毒，供给等。

3、行政方面：水利局是自来水公司的领导部门，为行政事业单位，而自来水公司为普通事业单位，一定方面受水利局管辖。