蘑菇的身体由菌丝体和子实体两部分组成，菌丝体是营养器官，子实体是繁殖器官。菌丝体由成熟的孢子萌发成菌丝，菌丝为多细胞有横隔，借顶端生长而伸长，白色、细长，绵毛状，逐渐成丝状。菌丝互相缀合形成密集的群体，称为菌丝体。菌丝体腐生后，浓褐色的培养料变成淡褐色。

蘑菇的子实体在成熟时像一把撑开的小伞，由菌盖、菌柄、菌褶、菌环、假菌根等部分组成。子实体是高等真菌的产孢构造，即果实体，由已组织化了的菌丝体组成。在担子菌中又叫担子果，在子囊菌中又叫子囊果。无论是有性生殖还是无性生殖，无论结构简单或复杂，都称其产孢结构为子实体。