食品经营许可证办理在工商部门办。根据《食品安全法》和国家工商总局的有关规定，工商部门负责《食品流通许可证》的发放，凡从事食品流通经营活动，都应到工商部门申领《食品流通许可证》，不需再到卫生部门办理《食品卫生许可证》。经营者应当填写申请表，向许可证受理窗口提交下列有关材料：经营者本人持身份证到当地工商行政管理部门审查，经工商行政管理。