早期的电脑主板不支持闪存盘启动，所以到时闪存盘启动失败；某些磁盘操作系统类型软件对闪存盘启动兼容性能不太稳定；由于闪存盘是出现于磁盘操作系统之后的产物，闪存盘种类也比较繁多，目前大多数的通用串行总线设备都没有磁盘操作系统下的兼容驱动，所以出现一些使用上的问题也是在所难免；所使用的闪存盘有质量上的问题，设置有可能用的是市面上所说的黑心闪存盘；由于闪存盘的操作不当而引起，使用完闪存盘之后经常直接拔除闪存盘，并没有使用安全删除闪存盘的操作。