1、在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”中，学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。

2、所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者、低能力者、异能力者、强能力者、大能力者和超能力者。

3、故事从学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和白井黑子一样担任风纪委员的初春饰利开始了周密的计划。